Der frühbarocke Sarkophag aus Bleilegierungen ist eine Arbeit von Christoph Rötter. Außer wenigen Details gleicht er in der Ausführung dem ihrer Mutter Eleonora von Gonzaga. Bemerkenswert ist das Monogramm M. A. mit der Krone. Den Deckel ziert ein Kreuz mit Christus, Maria und den sieben Schwertern. An den Ecken befinden sich die in der Barockzeit beliebten geflügelten Engelsköpfe als Schmuckmotiv.

Die Inschrift lautet:

IN HOC MONUMENTO CONDITA SUNT OSSA SERENISSIMAE PRINCIPIS AC DOMINAE DNAE MARIAE ANNAE IOSEPHAE ARCHIDUCIS AUSTRIAE COMITIS TYROLIS AUGUSTISSIMORUM PARENTUM FERDINANDI III. ET ELEONORAE MANTVANAE MAGNAE FILIAE SERENISSIMI ELECTROLAIS PRINCIPIS IOANNIS WILHELMI IOSEPHI & SERENISSIMAE CONIVGIS QVUE VIENNAE AVSTRIAE QVARTA APRILIS SVAVITER OBDORMIVIT IN CHRISTO.

In diesem Sarg sind aufbewahrt die Gebeine der durchlauchtigsten Fürstin und Frau Maria Anna Josepha, Erzherzogin von Österreich, Gräfin von Tyrol, der großen Tochter der erhabenen Eltern, Ferdinand III. und Eleonora von Mantua, der durchlauchtigsten Gemahlin des durchlauchtigsten Kurfürsten Johann Wilhelm Joseph usw., die zu Wien in Österreich, den 4. April, sanft entschlafen ist.